陈水扁的爱将、台军后备司令余连发被转调为战略顾问。台湾《中国时报》对此刊出分析说，这项马英九主政后的台军首波高级将领异动，虽然主因是余连发的上将职务已任满，但台军方这项安排也带有宣誓军中人事将回归制度面的意涵，同时象徵“扁家军”的终结。

　　分析说，马英九与台军方素无渊源，对余连发的任期是否届满、如何安排恐皆未掌握，因此这项人事安排应该是尊重台军方的建议，而非由马主导。这项人事布局亦别于过去陈水扁主政时候的做法，最明显的就是余连发的上将职缺，这次先以副司令暂代，但若是过去扁主政时代，势必会再拔擢一名中将补缺晋升上将，至于这名上将能干多久，通常是等下一波人事调整时再说。

　　所以，才会在陈水扁任内产生一堆任期短暂的“义务役上将”，这也就严重破坏了台军过去的将官晋升和任期制度。分析认为，这次调动目的，一在维持马英九刚上台后的军方人事稳定，另一方面也有意回归将领任期的制度面，并顺势推展台军新一波人事精进的计划，直接裁减上将员额，如此也符合新任防务部门负责人陈肇敏恢复军中人事体制的理念。

　　分析指出，余连发在2000年陈水扁上台后，在当时防务部门负责人唐飞推荐下，幸运拔得扁首任“侍卫长”的头筹，至此一路从少将晋升到上将，并以扁嫡系将领之姿先后出任台军宪兵司令、“军情局长”和后备司令等重要职位，行情红翻天。余连发离开军中后，也象徵了军中“扁家军”王朝的终结。