涉嫌贪污国务机要费的卸任台湾总统陈水扁5月20日失去刑事豁免权，最高检查署在上午新旧总统交接后，下午迅速发表声明，正式重新启动侦办国务费案，同时变相限制陈水扁出境。

　　陈水扁回归平民身份后第一天，最高检察署同步启动侦查调查他在总统任内被指控贪污国务机要费的案件真相，除了交由专门侦办总统及院长级弊案的特侦组进行调查，并由特侦组主任陈云南主办、七名组长共同协办，阵容之大，有利未来的查案速度。最高检察署已函请总统府、外交系统以及警政单位，若受理或知悉前总统陈水扁出境事宜，须通知检方进行斟酌，因此扁20日起已经进入“境管通知”状态。

　　国务机要费进行法院审理以来，前第一夫人吴淑珍仅出庭一次并昏迷后送医提早离庭，此后共16次持不宜出庭的医院诊断书请假不出庭，被外界指为意图拖延诉讼。去年9月，陈水扁将检方持有由总统府出示的国务机要费相关证物列为“绝对机密事项，应永久保密，不得公开”，要求检方退还，导致审理程序出现障碍。最高检察署20日决定突破困境，向总统府请求尽速审酌是否解密，以利侦查及日后的审理工作。新任总统马英九所主导的总统府如何处理此事，将攸关国务机要费能否续办、续审的重要关键。

　　国务机要费弊案是通过几张发票的检举，开启陈水扁贪污公款的巨大内幕，最高检察署查黑中心经过四个月的侦办，两度侦讯陈水扁，在2006年11月3日正式起诉吴淑珍贪污及伪造文书共犯的罪名，陈水扁列为正犯，但受宪法保障待卸职后诉究。检方指控，陈水扁利用职务之便，由吴淑珍向第一家庭成员及亲友搜集发票以核销国务机要费，从2002年7月到2006年3月间，依此方式诈领约1480万元新台币。