最高法院表示，三审进行的是法律审，仅审判二审是否有违背法令并足以影响判决结果，并不涉及证据调查与事实认定。马英九发言人说，马在得知消息后心情很平常。
马英九除了摆脱贪污特别费的司法阴影外，另外遭到司法调查中的数起贪腐指控，也因为他当选总统后的司法豁免权而停止侦办。这些指控包括他在市长任内将市政府控股银行并入民间银行，在国民党主席任内处理党产交易案与党产土地弊案，以及他在其它政府官职中的特别费案等。与台北市长特别费案不同的是，这些案件尚入进入法院审判程序，而仅在检察官调查是否起诉的阶段。
除非马英九与陈水扁在国务机要费案一样，放弃免受调查的司法豁免权，检察官才可以对其进行调查，但即便调查有罪也不能在其总统任期内起诉。相对于受到的指控的司法案件，马英九也在过去一段时间控告竞选对手，以及起诉他的检察官与侦办党产案件的检察官。这些由马英九提出控告的司法案件，则不会随著他取得总统身份而停止调查与审判。
包括国民党与民进党要人在台湾政府任职期间的特别费都受到司法调查或起诉，因此最高法院对特别费的相关见解也受到瞩目。
目前，因特别费案件而被法院审判的政坛要人，包括即将卸任的副总统吕秀莲；而总统陈水扁的国务机要费案，在他卸任后也可能被起诉。而在司法调查中的特别费案，则包括了国民党前主席连战，以及将就任副总统的萧万长等人。