总统当选人马英九3月25日开始谢票行程，但台北政坛焦点仍是新内阁如何组成。据了解内情人士指出，马英九既然已经定下“才德兼备、用人惟才”标准，就会找一个让社会都能接受符合此标准的人，而且保证“清廉、有中央政务经验”，一定有能力扭转政治腐败贪污舞弊歪风，人选呼之欲出。国民党政权移转小组召集人、副主席詹春柏也表示，相关人选已经在徵询当中。
此外，马英九上任后要立刻抓住、整顿情治特务系统，国安局长也是备受瞩目的要职。据传，前国安局第一副局长、前驻新加坡代表胡为真，是马英九认真考虑的人选之一。胡为真是前陆军上将胡宗南长子，军中资历丰富、处理对外情资娴熟，是台湾的一流情报统帅之才，且军系人脉充沛，若能出任国安局长也不会有仓促不及的疑虑。
苏起接任外交部长不足为奇。一位熟知国民党运作、“马氏用人思维”的蓝营人士指出，苏起的长才在外交领域，而且马英九也颇为倚重苏起对外联系，若任命苏起为外交部长，也不足为奇。至于国安会秘书长一职，另有消息传出，前总统府秘书长、国安会秘书长丁懋时回任机率颇大。
而随著总统大选落幕，马萧全国竞选总部也升等，成为“总统办公室”之前的“马萧办公室”，并将搬入国民党中央党部办公。副总统当选人萧万长
总统当选人马英九内阁人事受到外界关注，与马英九关系一向良好的国民党立委徐中雄建议由新当选的副总统萧万长兼任阁揆，藉由其财经专长稳定现在的局势。不过，其它国民党立委25日却持反对的意见，洪秀柱认为，副总统兼任阁揆可能引起争议，况且人才这么多，一定可以找出适任的阁揆，吴育升也说，依照民主发展，副总统兼任阁揆非常不适合。
另外，总统大选落幕，马英九取得压倒性的胜利，民众都很关心未来马英九的内阁人事布局，民间妇女团体首先发声，台湾妇女团体全国联合会理事长陈曼丽表示，妇女在许多层面上都有别于男性比较刚硬的角色，如果多一点女性入阁，相信对马团队会有很大的加分作用。