中国大陆当局3月20日表示，关注台湾选举结果所导致的争议，而有关方面也说，台湾同时举行的公投是试图挑?两岸关系的做法。
台湾中央选举委员会说，台湾总统陈水扁以微弱多数赢得这次大选，但是，他的主要对手连战阵营则认为这是一次不公平的选举。同时举行的公投则因为两项议题的投票率均低于50%的法定门槛，均不通过。
中国国务院台湾事务办公室发言人说：“台湾地区领导人选举投票3月20日结束。据台湾媒体报道，参加竞选的一方认为这是一次‘不公平的选举，决定提出“选举无效之诉”。我们正密切关注事态的发展。”中共中央台湾工作办公室、国务院台湾事务办公室也对台湾当局举办的公民投票发表了声明说：“3月20日，台湾当局执意举办所谓“ 和平公投”，试图挑?两岸关系、分裂国家。公投结果无效，事实证明，这一非法行径不得人心。任何把台湾从中国分割出去的企图都是注定要失败的。”
台湾行政院陆委会在大选结果公布后已经表示，希望大陆方面正视台湾人民透过民主体制所展现的整体民意，早日移除预设的政治前提。台湾陆委会也说，台湾政府将依据总统陈水扁在竞选期间的承诺，以积极推动建立和平稳定的两岸架构为优先目标。
分析人士认为，中国应该对台湾首次公投不获通过感到欣慰。中国当局在事前，一再批评陈水扁推动公投，认为是走向台独的举动，并扬言会损害海峡两岸的稳定局面。这两项公投——第一项：是否要增加预算，强化国防力量不受中国的威胁。第二项：是否同意政府与中共展开协商，推动建立两岸和平稳定的互动架构。
事实上，中国当局连日对台湾选举的事态发展都小心回应。3月19日陈水扁和吕秀莲在投票前夕突然中枪受伤后，中国外交部拒绝回应。国台办也只是在晚上发表声明说：“我们已经注意到这一事件的发生。目前，事件的真相尚未查清，我们将继续注意事态的发展。”
中国人民大学台港澳研究中心主任张同新教授指出，大陆不愿卷入台湾选举。“像陈水扁遭枪击这类戏剧性的事件，大陆更没有必要理会。”张同新认为，虽然目前还不能判断什么人策划了枪击陈水扁案件，但陈水扁和民进党显然将从枪击案中受益。因此，近来声势看涨的泛蓝阵营“最不可能去制造这样一起事件”。张同新说，即使陈水扁因为枪击案而获得连任，他和民进党也将面对如何解释枪击案的巨大压力。而一旦有证据显示枪击案与某种阴谋有关，陈水扁和民进党的信誉将一落千丈。
台湾中央选举委员会说，台湾总统陈水扁以微弱多数赢得这次大选，但是，他的主要对手连战阵营则认为这是一次不公平的选举。同时举行的公投则因为两项议题的投票率均低于50%的法定门槛，均不通过。
中国国务院台湾事务办公室发言人说：“台湾地区领导人选举投票3月20日结束。据台湾媒体报道，参加竞选的一方认为这是一次‘不公平的选举，决定提出“选举无效之诉”。我们正密切关注事态的发展。”中共中央台湾工作办公室、国务院台湾事务办公室也对台湾当局举办的公民投票发表了声明说：“3月20日，台湾当局执意举办所谓“ 和平公投”，试图挑?两岸关系、分裂国家。公投结果无效，事实证明，这一非法行径不得人心。任何把台湾从中国分割出去的企图都是注定要失败的。”
台湾行政院陆委会在大选结果公布后已经表示，希望大陆方面正视台湾人民透过民主体制所展现的整体民意，早日移除预设的政治前提。台湾陆委会也说，台湾政府将依据总统陈水扁在竞选期间的承诺，以积极推动建立和平稳定的两岸架构为优先目标。
分析人士认为，中国应该对台湾首次公投不获通过感到欣慰。中国当局在事前，一再批评陈水扁推动公投，认为是走向台独的举动，并扬言会损害海峡两岸的稳定局面。这两项公投——第一项：是否要增加预算，强化国防力量不受中国的威胁。第二项：是否同意政府与中共展开协商，推动建立两岸和平稳定的互动架构。
事实上，中国当局连日对台湾选举的事态发展都小心回应。3月19日陈水扁和吕秀莲在投票前夕突然中枪受伤后，中国外交部拒绝回应。国台办也只是在晚上发表声明说：“我们已经注意到这一事件的发生。目前，事件的真相尚未查清，我们将继续注意事态的发展。”
中国人民大学台港澳研究中心主任张同新教授指出，大陆不愿卷入台湾选举。“像陈水扁遭枪击这类戏剧性的事件，大陆更没有必要理会。”张同新认为，虽然目前还不能判断什么人策划了枪击陈水扁案件，但陈水扁和民进党显然将从枪击案中受益。因此，近来声势看涨的泛蓝阵营“最不可能去制造这样一起事件”。张同新说，即使陈水扁因为枪击案而获得连任，他和民进党也将面对如何解释枪击案的巨大压力。而一旦有证据显示枪击案与某种阴谋有关，陈水扁和民进党的信誉将一落千丈。