海基会董监事联席会议日前通过由立委洪奇昌出任董事长，这项人事案却罕见地凸显民进党政府和党务系统对立的局面，绿营内部两岸政策路线之争进一步搬上台面。

民进党国际事务部主任赖怡忠代表民进党中央，在海基会临时董事会中反对洪奇昌出任海基会董事长。来自党内的唯一反对票，揭示党和府院不同调，格外引起外界关注。

民进党主席游锡坤表示，过去行政院任何重大的人事案决定要发布之前，一定会知会党跟党团，但洪奇昌人事任命案，党却没有接到任何照会，还抱怨“民进党不能让外界质疑这个党主席，党中央已经变成尾巴”，公开表达对扁政府的不满。他强调，两岸政策攸关台湾前途，民进党中央必定关心，虽不求人事案决策前的徵询，但也希望事后获得照会。

海基会人事案向来被视为民进党两岸政策的风向球之一，身为新潮流系大老的洪奇昌因主张两岸经贸开放，而受党内部分深绿同僚批评为“西进昌”，更导致他在立委初选中备受围剿，以致最终败北。洪奇昌出任海基会董事长，显然是府院为安抚党内初选惨败的新系所采取的动作。尽管洪奇昌立场温和，但两岸存在多年的对话僵局依旧被政治因素牵绊，难以在短期内突破。

新官上任的洪奇昌告诉媒体，他虽曾主张放宽台湾企业赴中投资上限，但从未提案无条件解除限制。洪奇昌强调，海基会的角色是接受政府委托处理两岸交流事务，是执行而非制定大陆政策，外界不必有所疑虑，他会以稳定、务实、渐进、开放的态度配合并执行政策，也会努力加强与各界沟通。

海基会与对岸海协会是负责两岸协商的半官方组织，大陆当局自台湾李登辉在1999年发表“两国论”（两岸是特殊的国与国关系）后，断然中止两岸接触，两岸至今仍未恢复正式对话。