日本国债二级市场十分活跃，其交易量占整个日本债券二级市场交易量的95%。国债二级市场在日本证券市场中处于极其重要的地位。

1、交易场所

日本国债二级市场可分为交易所市场和OTC市场。OTC市场是日本国债市场的主体，从日本证券交易商协会(JSDA)2003年的统计来看，OTC市场的交易量占据99%以上，这充分反映了债券市场属于场外大宗交易市场这一特点。

目前，2年期、5年期、10年期、20年期和30年期固定利率国债在东京、大阪和名古屋股票交易所挂牌上市，但交易所市场的交易量不足1%。

2、国债流动性

从国债的流动性看，日本国债市场保持了良好的流动性。近年来，虽然面对日本经济低迷、债市交易量相对萎缩，并且债券馀额持续快速膨胀这样的状况，但日本国债市场就国债周转率这一指标而言，仍然保持在较高的水平上。

3、报价机制

一般来说，在OTC市场上成交价格是交易双方通过谈判确定的。但是，为了增强OTC市场的价格发现功能，确保在OTC市场中国债的公平交易，JSDA在制定的《公平交易准则》中规定，将于每个营业日日终公布当天国债交易的参考价格（或收益率），供交易时参考，该参考价格来自于JSDA的报价成员。

4、国债结算

1997年以前，日本国债交易的结算周期是“T+3”，即在交易达成之后的第三个营业日办理结算。经过努力，自2003年开始，日本启用了一套新的国债簿记结算系统，实现了国债的完全无纸化，建立了实时全额结算（RTGS）系统，结算周期缩短了，提高了结算效率。国债的交收和资金的结算，通过日本银行的BOJ-NET系统完成。在BOJ-NET系统下，实现了券款对付（DVP）。2003年10月，市场参与者共同组建了日本国债清算公司（JGBCC），负责在市场参与者之间进行净额清算。