中国国台办发言人11月29日下午回答记者询问时，对27日台湾立法院通过国民党和亲民党版本的《公投法》做出回应。发言人重申，大陆“对这个问题的态度是十分明确的”，并再次强调“ 世界上只有一个中国，台湾是中国神圣领土不可分割的一部分，中国的主权和领土完整不容分割。我们坚决反对任何人藉‘公投立法’进行‘台独’分裂活动。任何人试图把台湾从中国分割出去，是我们绝对不能容忍的”。
有中国学者指出，台湾立法院所通过的《公投法》，是为两岸关系的发展“埋下很大的定时炸弹”，为统独公投“开了一个后门”。
中国社会科学院台湾研究所所长余克礼和厦门大学台湾研究所教授陈孔立都指出，台湾立法院通过的《公投法》藏有“玄机”。尽管阻止了直接的统独公投，降低了两岸立即直接摊牌的危险性，但事实上所通过的《公投法》并没有对统独公投设限。余克礼说：“如果执政者像现在民进党和陈水扁一样坚持‘ 台独’立场，他可以利用《公投法》的合法性操纵民众，在时机成熟时搞台独公投。如果出现这种局面，必然会导致两岸关系空前紧张，出现危机。”他认为，这即是为什么国台办的回应中表示要“密切关注这一事态的发展”，“大陆还需要看看它到底朝什么方向演变”。陈孔立教授指出：“所通过的国民党与亲民党的版本，并没有‘负面表列’，没有排除任何修宪议题，没有规定什么东西不能公投，也就是说，它对‘统独公投’‘ 制宪公投 ’不设限。它只是设定‘ 公投’事项要由‘ 公民投票审议委员会 ’审定。如果审议委员会认为‘ 变更国旗、国号、国歌以及领土’可以作为议题，‘统独公投’‘ 制宪公投’就可能付诸实施。”
余克礼形容《公投法》“没有‘封杀’‘统独公投’”，而“只能算是一种'缓期执行'”。对“防御性公投条款”顺利通过，余克礼认为那是“变相台独公投的条款”，因为台湾作为中国领土的一部分，按照国际法是不能由少数人进行全国公民投票的。根据“ 防御性公投条款”，“ 当国家遭受外力威胁，致国家主权有改变之虞，总统得经行政院院会之议决，就攸关国家安全事项，交付公民投票”。这一条文赋予总统在国家主权受侵犯时直接提出并交付公投的权力。陈孔立教授则分析，“ 防御性公投条款”的通过，其实也是“绿营”“暗笑”的原因之一。尽管很多人以为这次“泛蓝”取得胜利，事实上，“ 绿营”收获不少，因为他们所期待的公投立法终于实现，而不设限的公投立法给他们预留不少活动空间。
而新华社28日从台北发出的新闻，点明27日通过的“某些条文也为‘台独’分子进行分裂国家活动留下了隐患”。报道以此总结：“ 纷纷扰扰几个月的‘公投法’争战表明，‘台独’势力的目标是‘公投台独’，但台湾民众在意的是民生、经济的发展和两岸关系的稳定，‘ 台独’不得人心。”
有中国学者指出，台湾立法院所通过的《公投法》，是为两岸关系的发展“埋下很大的定时炸弹”，为统独公投“开了一个后门”。
中国社会科学院台湾研究所所长余克礼和厦门大学台湾研究所教授陈孔立都指出，台湾立法院通过的《公投法》藏有“玄机”。尽管阻止了直接的统独公投，降低了两岸立即直接摊牌的危险性，但事实上所通过的《公投法》并没有对统独公投设限。余克礼说：“如果执政者像现在民进党和陈水扁一样坚持‘ 台独’立场，他可以利用《公投法》的合法性操纵民众，在时机成熟时搞台独公投。如果出现这种局面，必然会导致两岸关系空前紧张，出现危机。”他认为，这即是为什么国台办的回应中表示要“密切关注这一事态的发展”，“大陆还需要看看它到底朝什么方向演变”。陈孔立教授指出：“所通过的国民党与亲民党的版本，并没有‘负面表列’，没有排除任何修宪议题，没有规定什么东西不能公投，也就是说，它对‘统独公投’‘ 制宪公投 ’不设限。它只是设定‘ 公投’事项要由‘ 公民投票审议委员会 ’审定。如果审议委员会认为‘ 变更国旗、国号、国歌以及领土’可以作为议题，‘统独公投’‘ 制宪公投’就可能付诸实施。”
余克礼形容《公投法》“没有‘封杀’‘统独公投’”，而“只能算是一种'缓期执行'”。对“防御性公投条款”顺利通过，余克礼认为那是“变相台独公投的条款”，因为台湾作为中国领土的一部分，按照国际法是不能由少数人进行全国公民投票的。根据“ 防御性公投条款”，“ 当国家遭受外力威胁，致国家主权有改变之虞，总统得经行政院院会之议决，就攸关国家安全事项，交付公民投票”。这一条文赋予总统在国家主权受侵犯时直接提出并交付公投的权力。陈孔立教授则分析，“ 防御性公投条款”的通过，其实也是“绿营”“暗笑”的原因之一。尽管很多人以为这次“泛蓝”取得胜利，事实上，“ 绿营”收获不少，因为他们所期待的公投立法终于实现，而不设限的公投立法给他们预留不少活动空间。
而新华社28日从台北发出的新闻，点明27日通过的“某些条文也为‘台独’分子进行分裂国家活动留下了隐患”。报道以此总结：“ 纷纷扰扰几个月的‘公投法’争战表明，‘台独’势力的目标是‘公投台独’，但台湾民众在意的是民生、经济的发展和两岸关系的稳定，‘ 台独’不得人心。”