吕秀莲12月18日接受《中国时报》专访表示，陈水扁今年5月底召开高层会议后，她不断提醒扁“自清”“革新”和“权力下放”一样重要；不仅陈水扁家庭需要自清，扁办公室也要自清。

吕秀莲强调，“选举到了，有人利用权位不断开支票，也应该审慎加以评估。”基于台当局财政吃紧，行政院开的支票必须顾及合理、可行性。财源在哪？是否绝对必要？都要审慎评估。过去的政策如果出了状况应赶快检讨，新的政策实施前要做审慎评估。

报道说，至于会不会参加民进党2008台湾地区领导人党内初选？吕秀莲表示，她始终相信“大位不以智取”，到目前为止没有认真去想这个事，那是明年5月的事，时间还早。吕秀莲也意有所指地说，民进党内初选的评选标准是党员投票加民调，“民意高于党意”，“2008领导人清廉是绝对必要的”，每位候选人必须要在从政过程中，通过清廉这一关；第二关则是能力，“选举与‘治国’是两回事”，很会选举的大家应该已经看得很清楚，“‘治国’不像治县或治市”，相当历练与学养很重要。

对陈水扁办公室前资政、独派大佬辜宽敏主张，“穿裙子的人不适合”当领导人，但又力荐民进党籍高雄市代理市长叶菊兰担任2008台湾地区副领导人候选人，吕秀莲说，“他（辜宽敏）一直支持特定女性，从2004就一直支持她（叶菊兰）。他乾脆讲明是支持哪一个好了，干嘛这样一竿子打（死）？”