10月26日，中央政治局通过了《关于黄菊留职休养》的决定，从此黄菊的政治生涯结束了。

据香港《动向》月刊报道，10月26日，中央政治局通过了《关于黄菊同志留职休养》的决定。该“决定”大要如下：黄菊同志在中央政治局常委组织生活会议上，向中共中央提出辞去政治局常委、政治局委员、中央委员、国务院副总理的职务。在六中全会后，黄菊同志再一次向中央政治局常委会、中央政治局提出“真诚、强烈要求组织接受请辞，回故乡休息养病，接受组织的审查”。经中央政治局常委会、政治局讨论并徵求了部分老同志的意见，从如何对党的工作有利，从如何对全局利益有利，从如何对党的十七大筹备工作展开和十七大召开有利，从如何构建和谐社会有利，从如何加强党的建设和廉政建设有利，从如何体现贯彻以法治国、从严治党有利，从如何对黄菊同志身体健康、治疗、休养有利，从如何对中纪委工作组在上海工作有利等多方面因素考虑，中央政治局常委会、中央政治局一致通过决议，即日起：（一）黄菊同志留职休养；（二）黄菊同志在留职休养期，不负责党政内部工作；（三）黄菊同志在留职休养期间出席中央政治局常委会议、中央政治局会议；（四）中央政治局、国务院根据情况，授权黄菊同志在留职休养期间出席礼仪活动。

中央政治局常委会曾就黄菊“留职休养”，还是“请假休养”发生争议。“留职休养”，表面上政治地位没变，随时可以称“病愈”；而“请假休养”，官衔就被摘掉了，要销假就有阻难了。据传，社保基金案黄菊难逃罪责。陈良宇负隅顽抗的防线已崩溃，陈良宇已交待：社保基金事件，他曾请示过黄菊。黄菊作了答覆，称：“看著办。要有把握，不能亏损，要处理好几道关系风险少些，要在内部通一通气。”但黄菊的自我批评中却称：（我）一再叫陈良宇按规则办，不要另搞一套。40多亿，不是4、5百万，“吃夹生”，谁也负不了责任。（我）叫陈良宇要放在常委会上、市长会上讨论。根据陈、黄所讲，不论谁再护短，已证实黄菊是脱不了罪责的。关于社保基金，中央有明文规定，要存放在国有商业银行、购买国债；经国务院核准，才能购买欧美国家债券。而陈良宇竟把40多亿社保基金借给了私有商贾，是知法犯法，黄菊也难逃罪责。

自9月25日陈良宇下台以来，上海、浙江、江苏、北京等地党政、国家机关，有多达2700多件信函，要求中央、国务院、中纪委彻底追查上海社保基金大案，要提高透明度，给人民知情权。10月30日，中纪委又增派了60名人员进驻上海。据中纪委最新报告，指：上海市委、市政府班子基本烂掉，都涉及不法经济活动和不法经济来源，而且牵涉到外省市党政高级干部及其亲属2500多人，部分资金已外流到香港、欧、美、加等地。中纪委报告又指：中纪委进驻上海后，已查到从市、局、区，有销毁、转移一批原始单据档案情况，增加了工作展开进度。

至11月初，上海市已有40多名干部外逃、失踪，7名干部自杀，涉及资金资产达38亿多元。

10月27日，黄菊飞上海“留职”休养。10月28日，黄菊出席中国与印尼第二次能源论坛。11月1日，中国国际工业博览会在上海举行，黄菊偕同妻子一起出席，大概是企图利用这个机会给他妻子冲冲喜，以洗刷她在社会上的坏名声。11月8日，黄菊在上海会见阿尔及利亚总统。然后他就到青浦休养去了。10月30日，上海市委代理书记、市长韩正，在市委常委会议上，仅传达：黄菊要求要和党中央保持高度一致。

11月4日晚，胡锦涛以中共中央、国务院的名义，设盛宴招待中非合作论坛北京峰会48个国家的元首、政府首脑时，8名政治局常委出席。新华社报道时，只称“党和国家领导人出席宴会”，未见黄菊踪影，报道中也未提及，看来黄菊开始在政坛逐渐消失，这也意味著他的政治生涯就此结束了。