在陈水扁面临风暴之际，被视为“台独”大老的前总统李登辉也面临了极大的考验。

台湾媒体报导说，李登辉对奉其为精神领袖的台联党不愿支持第三度罢免陈水扁感到失望，不愿为该党的候选人助选。李登辉本人并无出面辟谣，但从种种迹象看来，这种消息似乎其来有自。

陈水扁的“国务机要费”案件，在其夫人被检察官起诉后已然成为风暴。台联原先表态支持国民党和亲民党提出的三度罢免总统案。但是明年即将举行“单一选区”的立法委员选举，立法院席位即将大幅度减少。如果台联此时与同属泛绿的民进党翻脸，论实力台联恐怕难以夺走民进党的选票，反而有可能因为支持“罢扁”而激怒支持选民。在此考虑之下，台联态度出现了大转弯，在陈水扁表示一审被判有罪就下台之后，台联反扁行动顿时踩刹车。

但李登辉看来，台联的做法是“因小失大”。一些分析人士说，如果台联以清廉政治为诉求、支持罢免陈水扁，不见得就会从小党变成小小党。一位资深人士认为，在这场风暴当中，陈水扁多次把李登辉强拉下水。这是深受日本尊卑伦理教育影响的李登辉最忌讳的一件事。但李登辉肯定不愿见到在一旁摩拳擦掌、偶尔动口但是却不动手的国民党渔翁得利。

事实上“国务机要费”风暴拖得越久，对泛绿赢得2008年总统大选越不利。李登辉担心，到时政权拱手让给泛蓝阵营。李登辉已经明显地和丑闻缠身的陈水扁划清界限，但是如果此时与一手养大的台联一刀两断，对泛绿阵营有害无利。

目前的情况令这位台湾前总统面临了严重的考验，因为他的选项可能并不多：第一种可能是如果李登辉结合了对扁不满的泛绿势力，或许泛绿本身虽然有裂痕，但是起码枪口一致对外，2008年大选泛绿仍能放手一搏。第二种可能就是李登辉决定闲云野鹤地不再过问政事。但这似乎并不符合李登辉的个性，而且深绿政界人士必然力劝其投入战场。第三种可能则是李登辉结合民进党的反扁力量以及国民党内反马英九的力量组织政党。分析人士说，现在要选的问题是没了李登辉的台联是否能够继续生存？还是没了台联的李登辉从此黯然失色？