本届残奥会闭幕式于9月5日当晚在东京新国立竞技场举行。开场表演中，艺术家们通过他们的音乐和舞蹈展示了东京的活力，一个保持用头旋转世界纪录的霹雳舞者成为当场亮点。

接下来，轮椅赛车手佐藤智树、奥运会击剑冠军美浓部和安、14岁游泳运动员山田美雪、护士山本香子、轮椅赛车手岩切元树和游泳运动员小池樱子手举东道主日本的国旗进场。

在各国代表团旗手入场环节，中国女子轮椅篮球运动员张雪梅作为中国体育代表团旗手举着中国国旗进入会场。

据悉，今年28岁的张雪梅因患恶性骨肉瘤导致左腿截肢，在2018年雅加达亚残运会和2019年全国残运会上夺冠。本届东京残奥会与队友并肩作战斩获银牌，创造了中国女子轮椅篮球队在残奥会上的历史最佳战绩。

纵观中国代表团在本届残奥会上的表现，中国队获得了96金60银51铜共207枚奖牌的优异成绩，创造了29项世界纪录，连续在五届残奥会上位列金牌榜、奖牌榜双第一。中国体育代表团秘书长赵素京当日在总结中国代表团在本届残奥会上的表现时称，中国代表团实现了参赛目标，书写了中国残疾人体育新的辉煌。

紧接着旗手入场后，六名新当选的国际残疾人联合会运动员委员会成员登场亮相，他们分别是：意大利的玛蒂娜-凯罗尼，现已退役的巴西游泳名将丹尼尔-迪亚斯，八次残奥会冠军、古巴人奥马拉-杜兰德-埃利亚斯，东道国日本的游泳运动员铃木孝之，荷兰轮椅篮球运动员吉特克-维瑟和伊朗射箭名将扎赫拉-尼马提。

在会旗交接仪式中，东京都知事小池百合子和国际残奥委员会主席安德鲁-帕森斯，以及2024年夏季运动会代表的巴黎市长安妮-伊达尔戈进入舞台中央。小池百合子把残奥会会旗交给帕森斯，帕森斯再把会旗交给下届主办城市巴黎的市长伊达尔戈，伊达尔戈摇动会旗，现场奏响法国国歌、升法国国旗。

备受瞩目的巴黎展示环节，下届夏季奥运兼残奥会举办地带来了精彩表演，由多名艺术家带来的手臂舞浪漫而惊艳，受到诸多好评。据说手臂舞的灵感来自于小鸟在空中飞翔的样子，因为手臂起舞的画面唯美，也被称为“空中芭蕾”。

最终，在东京残奥委主席桥本圣子致辞后，国际残奥委主席帕森斯宣布东京残奥会正式闭幕。