首相小泉纯一郎6月20日决定将撤回派驻伊拉克南部城市萨马沃的陆上自卫队，并在当天下午的安保会议后召开记者招待会正式宣布了这一决定。为此，防卫厅长官额贺福志郎立即向目前仍在当地开展活动的第10批伊拉克重建援助队等下达了撤回命令。日本政府有意让驻伊自卫队同英国及荷兰的军队一起最早于7月底前全部撤离。
　　日本向事实上沦为“战场”的伊拉克派遣陆上自卫队曾引起日本国内褒贬不一的强烈争议。从2004年1月由当时的防卫厅长官石破茂下令派遣以来，这场长达两年半的援伊活动终于将落下帷幕。小泉在记者招待会上表示，撤军是在同相关国家磋商后的结果，并表示，“日本陆上自卫队的人道重建援助已经取得了一定的成果。”
　　除了自民党干部会议之外，小泉还在同公明党代表神崎武法以及在野各党党首会谈时转告了撤回陆自卫队以及让航空自卫队继续展开活动的安排，但民主党代表小泽一郎拒绝参加此次会谈。
　　小泉对公明党代表神崎表示：“能够在无一人伤亡的情况下完成（任务），让我感到非常高兴。”此外，额贺在内阁会议后的记者招待会上强调：“将尽可能迅速地撤回。”防卫厅将另派约百人赴科威特支援撤离工作，其中约10人还将进入萨马沃。
　　执政党和在野党6月20日围绕驻伊拉克的陆上自卫队撤离问题举行了党首会谈。共产党委员长志位和夫就航空自卫队活动范围扩大至巴格达机场等地一事表示：“这将是和美军一体化的支援，等于接受了一项最危险的工作。对此表示反对。”他藉此要求立刻撤回航空自卫队。
　　社民党党首福岛瑞穗也再三要求空自撤离。她还强烈批评小泉称：“上周在参院预算委员会上询问何时从伊拉克撤退，小泉首相没有作答。按理说首相应该在国会作出说明，他现在的做法是在蔑视国会。”
　　福岛还请求日本政府回收在伊拉克战争中使用的贫铀弹，对健康受损害者开展治疗工作，并对回国的自卫队员进行体检。对此小泉首相仅仅表示“会考虑的”。
　　装载著日本陆上自卫队轻装甲机动车等数十辆车辆的首辆大型拖车，从伊拉克南部城市萨玛沃营地撤离后于当地时间6月25日上午抵达邻国科威特。驻扎在萨玛沃当地的约600名日本陆上自卫队队员也将结束为期两年半的重建援助活动，著手进行撤离工作。
　　现阶段的主要工作是运送陆上自卫队装备及物资，此后为确保安全，自卫队队员将搭乘飞机逐步从萨玛沃撤离至科威特。日本政府计划在7月内完成撤离工作，8月让队员返回日本。陆上自卫队将以“迅速、安全”为第一要旨，并在撤离工作进行的同时实施人道主义援助活动。
　　本次陆上自卫队的陆上运输工作主要委托给科威特的民间企业负责。由十几辆拖车组成的车队于6月25日早晨在全副武装的保安的护送下，从萨玛沃营地出发，经过6小时后进入相隔450公里的科威特。日本陆上自卫队队员没有同行。
　　居住在日本的伊拉克人以及在伊进行援助活动的非政府组织（NGO）相关人士日前纷纷表示，日本派遣自卫队驻伊“消息不透明，很难看出派遣自卫队的成果”。而日本安保方面的专家则称赞派遣自卫队赴伊的做法“非常成功”，并希望“能有下一次援助活动”。陆上自卫队将从6月21日起全面展开撤退的准备工作，然而对自卫队派伊一事各方仍褒贬不一。
　　“我从未听到身在伊拉克的朋友提起过自卫队的活动。”在日本生活了20多年的伊拉克翻译家默哈莫德．卡萨布指出，“陆上自卫队对于其驻地萨马沃的居民或许有些经济上的帮助，但除此之外他们在当地人的心目中也只是多国部队中的一员而已。”
　　默哈莫德表示，为了打倒萨达姆政权他也赞成用战争来解决问题，但“由于宗教信仰对立而蜂拥而至的恐怖分子却让当地人民的生活环境更加恶劣。如果没有引起现在这样的内战就好了，可惜……”说到这里他的脸色显得有些阴沉。在默哈莫德家乡巴比伦，已经有3位朋友因恐怖活动而不幸丧生。
　　之前在伊拉克开展医疗援助的日本国际志愿者中心的成员清水俊弘提出质疑：“日本政府只发布好的消息。在无人死亡的情况下在伊拉克当地驻留了一阵子，光凭这一点就说陆自的活动得到了一定的好评，这是否有违援助的本质呢？”
　　另一方面，军事分析家小川和久则称赞道：“在各种条件约束下，仍做了120件工作。应该确立重建支援活动的‘日本榜样’。”拓殖大学教授森本敏表示：“人道重建援助这一独特的活动给伊拉克人留下了深刻印象，而且没有出现伤亡人员，在多国部队中凸显了自卫队的作用。”