台湾在野国民党主席马英九终拍板，决定提案罢免陈水扁，并将“倒阁案”后垫，列为“第二阶段”战略。国民党也敲定同步开展“抗争路线”，全面发动“促扁下台”群众运动，计划长驱南下绿色大本营台南和高雄，与坐镇台北的亲民党南北大串联，将全台“反扁”民愤汇聚成势。
　　马英九一连两晚与党务主管和核心幕僚密集开会后作出罢免决定，交由国民党立院党团和中央常委会完成形式上的最后确认。按照法定程序，国亲6月12日提呈“罢免案”，将之列为立法院临时会第一案。编列议程后进入“审核”阶段，被罢免的对象陈水扁，可在7日内向立院进行答辩，立院15日内完成审核进入表决，三分二通过即成立，交由公民复决。过不了三分二门槛，罢免案即被推翻。
　　马英九承认“时机越来越成熟”，因调查显示“第一夫人”吴淑珍与陈由豪献金案、陈水扁与台开人事案，“似乎都有涉案迹象”；而倒扁声浪日益高涨，包括台联和李前总统都吁扁下台。“‘台湾之父’要‘台湾之子’下台，无论从哪个角度看，都有非常重要的意义。”至于何时出手？他低调回应：“发动时机，交党团决定。”
　　党内消息透露，马英九从倾向倒阁到同意罢免，基于几个考量。首先，倒阁附带的国会改选对亲民党不利，泛蓝没有共识，且因缺乏道德正当性，后续政治效应难以预估；罢免案在蓝营和民间的共识度则较高。更关键的是，法务部长施茂林日前透露“台开股票内线交易案将在最近终结”，又传出赵建铭可能获准撤押交保，马惟恐司法查弊行动开始降温，终决定采取行动。
　　但罢免案的三分二高门槛要通过，蓝营并无把握。当前立法院总共221席，国亲加无党籍也只123席，即使深绿台联12席全支持罢免，距离三分二的148席门槛，也还差13席。在记名表决的情况下，要争取到13个民进党立委倒戈，几乎不可能。