天皇夫妇6月8日上午乘专机从羽田机场出发，启程前往东南亚三国进行访问。从6月8日至6月15日，天皇夫妇将访问新加坡、马来西亚和泰国。这是明仁天皇即位以来首次出访新加坡，也是时隔15年后再次访问马来西亚和泰国。
　　皇太子夫妇等皇室成员以及首相小泉纯一郎等官员前往机场为天皇夫妇送行。出发前天皇还发表了致词。
　　今年正值日本与新加坡建交40周年，天皇夫妇此次应邀以国宾身份访问新加坡，届时新加坡总统纳丹夫妇将举办晚宴，天皇也将发表演说。在结束对马来西亚的访问后，天皇夫妇将前往泰国，出席普密蓬．阿杜德国王即位60周年的纪念仪式等活动。
　　天皇夫妇于6月9日晚，参加了由新加坡总统纳丹夫妇在总统官邸设下的晚宴。
　　天皇在致词中回顾了过去的两次访问，然后说，“我们无法忘记，在过去的世界大战中，贵国也有许多人失去了他们宝贵的生命，饱受各种苦难。”此外天皇还强调，“我国的人民将这份历史铭记于心，为了东南亚地区的安定与发展，为了世界的和平与繁荣贡献自己的力量。”
　　纳丹总统在晚宴开始时致词说，“如果两国能保持友好关系，那么我相信，今后两国会有更多的合作与交流。”虽然日本曾在二战时期占领过当时由英国统治的新加坡，并且当地有许多居民遭到了日本军队的残杀，但此次会面时纳丹并未谈及战争所带来的伤害。
　　天皇夫妇在晚宴开始前，与被誉为“新加坡国父”的第一任总理李光耀夫妇进行了交谈。
　　天皇夫妇当地时间6月10日上午乘包机离开新加坡抵达马来西亚怡保机场。这是天皇登基后第二次访问马来西亚，上一次是1991年出访东南亚三国时，当时是天皇继位后首次赴外访问。