4月21日下午2点20分左右，岐阜县中津川市中津川的一幢4层的空店铺内，发现了该市市立第2中学2年级女学生、13岁的清水直的尸体。死者颈部被布带缠绕，头部有数处被殴打的伤痕。岐阜县警察根据尸体的状态以杀人事件开始调查。
　　清水的家人4月19日晚上向中津川警察署提出了搜寻请求，据此开始搜寻的警察在这幢空店铺的3层发现了仰面倒地的清水的尸体。据称，清水身著中学指定的蓝色运动服，著装比较整齐。警方的调查显示，清水与40岁的母亲和15岁的哥哥一起生活。4月19日下午5点半左右，放学途中与几名朋友在JR中津川附近的超市分手后失踪。据说在与朋友分手时，清水曾打电话给其母称“要回家了”。虽然清水随身带有手机，但据称在发现尸体的现场并没有找到。
　　 空店铺位于清水家以北约1.5公里的国道19号线路边，属于住宅和水田混合区域，几年前曾是一家“弹子游戏”店。据附近的居民称，店铺周围没有围墙，处于随时可以自由出入的状态。
　　事件发生后，中津川市教育委员会副委员长胜彰召开记者会，并表示该市进入4月以来，已发生过两起女中学生差点被拍照、被可疑男性叫住的事件。警方4月21日深夜以杀人嫌疑逮捕了正与清水直谈恋爱的15岁的高中1年级男生。据悉，该男生已经承认了杀人事件是他一人所为。
　　该男生今年3月刚毕业于清水直所在的中学，现住在距离事发现场空店铺数百米的其父母工作的公司宿舍里。据悉，该男生两、三年前开始与清水谈恋爱，经常和几个好友一起玩耍。警方认为可能是在交往中发生矛盾而导致杀人事件，并以此调查犯罪动机。
　　 根据调查，该男生被怀疑于4月19日下午6点半左右，在发现遗体现场的空店铺３楼用棒状物体殴打死者头部数处后，用布将其勒死。警方是在调查死者清水直的交友关系时发现嫌犯的。4月21日傍晚，警方获本人同意将其带到警察局进行调查。男生虽然承认犯罪事实，但并未表示反省之意。
　　4月23日获悉，该高一男生喜欢在自己的博客上记录两人交往的情况，并倾诉人际关系的烦恼。
　　 清水于今年1月10日创建了自己的博客，其后几乎每天更新，其男友的名字也频繁出现在博客中。清水不仅记录了两人之间的亲密关系，如“（我们）一起回家。真开心！”、“吵架了～和好了～笑个没完～”等，还上传了两人去KTV唱歌时拍的照片。
　　然而到3月以后，清水的博客上却出现了“收到学长的纽扣（在日本男生愿意赠送纽扣则表示对对方有意），实在太高兴了！”、“学长的笑容一直印在脑中”等词句，不免让人怀疑清水对别的少年移情别恋。同时，她还在博客中倾吐了对家庭关系的烦恼。她写道，“我是不是很碍事？如果是的话我不如离家出走。该怎么办好呢。”
　　对于同性的好友，清水也曾在博客里认真地表示，“谢谢，让（我们）一直一直……做朋友吧”。以外，她还多次写下“无聊死了”等话语，央求朋友给她写邮件，从中也不难看出清水容易感到寂寞的一面。清水最后更新博客的时间是案发当日4月19日凌晨，内容仅为“晚安～”一句话。
　　岐阜县警方在获悉上述博客的存在后，正在就博客是否与案发经过及动机有所关联展开调查。