日本首相安倍晋三在上周六台南发生地震当天，向台湾总统马英九发出慰问电，同时外相岸田文雄也向台湾外交部长林永乐发送了同样内容的讯息：“我对接获了台湾南部发生大地震、出现重大被害的报告非常心痛，在此由衷地向死亡者冥福并向受害者慰问。在此困难时期，日本有意向台湾提供任何必要的援助。”

当天日本政府已向台湾派遣了包括外务省紧急人道支援课事务官大日方牧人、全国警察厅秘书处国际课副课长山下桂一、海上保安厅警备救难部救难课专员稻叶健人等5名准备援助台湾救灾的调查队。同时日本红十字会、位于冈山县的国际医疗非政府组织AMDA等派遣的医护人员也已抵达台南灾区援助救灾。

2011年日本民主党首相菅直人执政期间发生大地震后，台湾虽高踞援助日本救灾金额榜首，但菅直人后来在美国、韩国、中国、英国、法国、俄罗斯登报表示谢意时，却略去台湾。此举引起台湾官民不满，后来菅直人虽然向马英九和时任台湾行政院长吴敦义、外交部长杨进添补送了感谢信，但没登报致谢。最后由日本民间人士发起“谢谢台湾计划”，筹得约1900万日元（约16万美元）捐款，在台湾《联合报》、《自由时报》刊登感谢广告。

不过日本主流传媒、舆论关切这次台湾救灾的同时，对里氏6.4级地震就造成高楼倒塌的疑问也日益升高。几乎所有分析都指出，存在地震危机的台湾本来不应发生这种灾难，很可能有人祸原因。

日本一级建筑师丸山慎司指出：“虽说日本从阪神大地震和东日本大地震后不断加强了建筑物防震标准，但坦率地讲，即使在这之前，同等级地震在日本也不可能造成那样高层建筑发生那样的倒塌方式。”他指出，按照倒塌的现场图像显示的楼房切面和暴露的钢筋等来看，虽然说高楼地下土质是该考虑的原因，“但显然钢筋不足，似乎也没有防震楼层”。

日本1920年开始实施包含房屋耐震基准的《市街地建筑物法》，1923年关东大地震后，修订了标准。1950年日本废除该法，改为《建筑标准法》，到1995年阪神大地震发生，日本经过三次大地震，提升了三次耐震标准。2011年东日本大地震发生后，不仅再次提升建筑物耐震标准，而且因为海啸引起核电站事故，也制定了核电站原子炉耐震、耐海啸标准。

尽管以学校为主的公共建筑物不少因为新耐震标准，加强防护措施影响到外观或内部使用面积，但几乎全民都理解安全第一的建筑指针。家庭里的抗震意识也很强，几乎每家都有防灾食品、用品，包括压缩饼干、冰糖、罐装水和防寒布、便尿凝固剂等，家庭也绝不在卧室床头挂画、像等能砸伤人的物件，榻榻米上睡觉头不靠墙也是防墙倒塌等，安全最重要的意识不仅根深蒂固，而且细微深入。