受中国大气污染及中日关系恶化等影响，许多在华工作的日本人及家属纷纷回国，导致北京、上海、青岛等地日本人学校的学生人数出现骤减，部分学校甚至陷入了运营困境。

报道称，2014年度青岛日本人学校小学及初中部共有74名学生，从学生数达113人的2011年度高峰期开始持续减少。该校有关人士表示，“本以为学生会增加，没想到事与愿违”。

该校原先预计学生会增加，于2008年建成了新校舍。但在2012年之后携家属赴任的日本人出现减少，学校生源也随之减少。

日本人学校属于私立学校，由日企组成的商工会负责运营。由于出现亏损，该校今年不得不将入学金由1万元提高至1.5万元，每月的学费也由4000元上涨至5000元。

大连市的日本人学校也因学生减少及房租上涨陷入了亏损。有关人士表示：“这样下去，四、五年后学校肯定会停办。”

截至4月，规模最大的上海日本人学校学生数为2791人，同比减少了约260人。在北京的日本人学校学生也大幅减少。