为了支持印尼在打击恐怖主义方面的努力与成就，美国决定解除对印尼的武器禁运，正式恢复两国的军事合作关系。此举亦标志着美印（尼）两国军事关系的全面正常化。
   美国国务院发言人麦考马克表示，美国准备“在特定军事计划下为印尼提供援助，从而协助印尼实现军队现代化”。他说，两国军事关系正常化后，美国将可以通过多方面去协助印尼打击恐怖主义、维护海上安全，以及在救灾工作给予救援。
   1991年，美国以印尼镇压东帝汶独立运动为名，限制对印尼出售武器；1999年，印尼军方为阻止东帝汶独立再杀害1500人，美国在军事上进一步制裁印尼。