鸠山是继1998年村山富市、2001年海部俊树后，第三位到访该馆的日本卸任首相。
17日南京早晨天气寒冷。上午9时半，鸠山由纪夫身着黑色大衣，与随行人员抵达纪念馆。整个过程没有提及钓鱼岛问题。
在与馆长朱成山进行简单会面后，鸠山一路仔细聆听工作人员介绍，表情严肃。
在刻有30万遇难同胞字样的石碑前，鸠山双手合十，低首默哀。走到南京大屠杀幸存者雕像前，他抚摸铜像，低头致意。在遇难者名单墙前，鸠山久久凝视刻在石板中的黑色名字。
“这部分遇难者骸骨是我们1998年发现的，我们利用多种科技手段对骸骨个体年龄、性别、受伤部位做了鉴定……”走进“万人坑”展厅，朱成山做着讲解，鸠山眉头紧锁，认真聆听，并就细节不时发问。
经工作人员翻译，和平舞台上“不是为了复仇，而是为了铭记历史，为了大爱，我们应该永续世界和平”大字引起鸠山注意。他随即回头对朱成山说：“这句话让我很感动，我会记住。”
手抱婴儿、放飞和平鸽的和平女神像是纪念馆的最高建筑物。鸠山走上前说：“我还在车上的时候，就看到了雕塑，(雕塑)多了一只鸽子，我鸠山就是一只鸽子，你们馆里有这么多的"鸠山"。”随后，他脱去外套，与随行人员以雕像为背景合影。
在和平公园为一棵古老银杏树掀铲培土后，鸠山在馆内题下汉字：“友爱和平”。落款时，他将“鸠山由纪夫”的“由”写成“友”，并称是有意为之。
“种了"友谊之树"，更希望友谊之树能够长青，"和平之花"开时，我还会再来。”他说。
纪念馆向鸠山一行赠送了紫金草雕像、日文史料图书等礼物。
朱成山告诉记者，鸠山在参观过程中，向他详细询问了一些细节，比如南京大屠杀发生时南京人口、遇难者数字、远东国际军事法庭和南京军事法庭的有关判决等。“30万遇难者数字的由来，我也跟他做了详细解释，他也听得很认真。”
朱成山表示，鸠山由纪夫在当前的中日形势下访华，并到南京参观该馆，馆方表示很欢迎。“中日关系和平构建有个基础，就是要尊重、承认历史事实，这样才能实现真正的友好和平”，他说：“我们欢迎日本的政治家来参观纪念馆，了解历史的真相。”
目前，没有日本在任首相到访侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆。