围绕拉致问题等展开的日朝政府间磋商时隔1年，于11月3日上午在北京再度召开。担任朝方代表的朝鲜外交部亚洲局副局长宋日昊在磋商开始前向各媒体记者强调说，有关拉致问题，朝方“打算提出解决方法”。在磋商过程中，朝方要求日方就“遗骨”不是本人的鉴定结果作出说明，并对日本殖民统治等过去的历史进行清算。而日方则要求朝鲜查明绑架问题的真相。
   宋日昊在磋商结束后的当天晚上向记者团表示：“对于双方关心的历史清算和绑架问题，分别阐明的各自的立场和见解，进行了深入的讨论。”日方代表、日本外务省亚大局局长斋木昭隆也在上午的磋商结束后向记者团表示：“双方就各自关心的事项说明了自己的基本立场。”
   日方将此次磋商定位为日朝恢复邦交正常化交涉的序曲，试图借此探索出解决绑架问题的突破口。
   有关绑架问题，日本再次向朝方提出了以下要求：（1）尽早让幸存者回国；（2）查明真相；（3）引渡绑架嫌疑人。而对于朝方提出的“历史清算”问题，日本准备在一定程度上采取灵活的态度。
   在会谈进行的同时，现年31岁的名叫北川和美的大阪市前饮食店员工，2003年8月逃往朝鲜后要求重回日本，并于11月3日下午从朝鲜平壤启程，途径俄罗斯海参崴抵达新机场。
   北川在时隔两年零三个月后重新踏上了日本的土地，她在新市内举行记者招待会时稍显疲倦，称“我一直住在平壤的酒店，没有什么不自由。因为怀念日本才回来的”。她还表示，在她回国之际“朝鲜政府不曾有任何指示”。
   据外务省和相关人士透露，2003年8月18日北川留下一张写有“我要去朝鲜”的字条后离家出走。并在中国丹东市附近旅游时从一艘航行在中朝边境河流的游船上跳入水中游到了朝鲜。
   据外务省称，除“YODO”号劫机团伙成员外，过去并无日本人逃亡朝鲜的情况发生。