9月21日，第163届特别国会结束后，在下午举行的众院全体大会首相提名选举中，小泉纯一郎被选为第89任日本首相。
当选后小泉再度任命了现任内阁成员，并于当日傍晚在皇居举行了由天皇任命小泉纯一郎担任首相的任命仪式、及上届内阁成员全体留任的认证仪式。至此由自民党、公明党组成的第三届小泉内阁正式成立。
      在此之前，小泉在首相官邸举行的记者会上强调指出，在明年9月其自民党总裁任期届满前，“要力求把经济结构改革路线引上轨道。改革不会停步，将继续前进。”
      在9月21日傍晚的记者会上，小泉还表明了要在特别国会上通过邮政民营化的相关法案，并以此为起点全面完成“小泉改革”的决心。具体包括要使国家与地方财政的“三位一体”改革具体化，削减公务员的人事费总支出，实现政府相关金融机构的合并、削减和整顿等意向。
在外交方面，小泉把联合国改革问题列为课题，虽然由日本等四国提交的决议案成为废案，但还是强调要继续推行改革的方针。在提到对朝鲜政策时，小泉表示为解决日本人被绑架等两国间存在的问题，在11月预定重新召开六国会谈之前，“进一步与朝鲜展开对话。”
      小泉还指出，在年末要制定的2006年度的财政预算将是“小泉政权的最后一次预算制定”。在谈到8家政府相关金融机构的合并、削减和整顿问题时，小泉明确表示“要拿出完善的方针，为不管后任是谁都能实现的路线铺路”。
      众议院9月21日下午的全体大会中，现年68岁的自民党的河野洋平再次被选为众院议长，民主党现年64岁的副代表横路孝弘被选为副议长。 当日下午，因出任众议院正、副议长要职，河野洋平、横路孝弘分别脱离自民党、民主党，成为无党派议员。至此，众参两院的各党议席数如下:
      众议院:自民党295议席、民主党．无党派俱乐部113议席、公明党31议席、共产党9议席、社民党．市民联合7议席、国民新党．日本新党．无党派的联合会6议席、无党派议员19议席。
      参议院:自民党112议席、民主党．新绿风会82议席、公明党24议席、共产党9议席、社民党．护宪联合6议席、国民新党．新党日本联合会3议席、无党派议员议席5，空缺议席1议席。