日本东北部地区遭受地震、海啸和核泄漏等重重危机后，再后重建并不顺利。福岛核电站的核泄漏事故暴露出日本政府隐瞒实情的重大错误，至今“低温停堆”还遥不可及，每天都放出大量核辐射物质。菅直人政府在避难所建设上步伐缓慢，发布停电信息时不够透明，在灾后各项工作中均没有展现出领导力。民意测验显示，70%的国民认为菅直人政府救灾不力，尤其是福岛核泄漏事故历时两个半月后，情况依然危机。民主党内菅直人的反对者，小泽一郎经常指责菅直人领导不力，两个人自从去年的党首选举后就势同水火。看到菅直人焦头烂额，鸠山由纪夫和小泽一郎纠集鸠山派和小泽派90多名议员，向自民党传递联合推翻菅直人内阁的信息。有鸠山和小泽派的支持，自民党认为这是夺回政权的千载难逢的机会。在鸠山和小泽多次催促下，自民党6月1日傍晚，携两个在野小党公明党和日本奋进党，向众议院议长横路孝弘提交了对政府的不信任案。

自民党总裁谷垣祯一当天在国会辩论中对菅直人说：“你必须下台，有你在台上完成灾后重建工作根本就不可能。” 自民党提出的不信任案，要在总共480席的众议院获得至少半数即240席的支持才能通过。小泽一郎在投票前公然召集70多名本派议员集会，并联合高呼“支持倒阁”。跟小泽立场相近的日本前首相鸠山由纪夫5月31日在会见菅直人时，则要求他在不信任案递交前主动辞职，但遭到菅直人拒绝。

如果在表决时，小泽一郎派的70多人和鸠山由纪夫派的20多人，赞成内阁不信任案，内阁不信任案肯定获得通过。菅直人的态度强硬到底，表示凡是投赞成票的，一律开除出党，如果不信任案通过，就会解散国会举行大选，并要身边的人去了解日本天皇周二的行程。6月2日上午10点，民主党参众两院议员举行会议，讨论内阁不信任案。在会前，菅直人跟鸠山由纪夫举行了30分钟的闭门磋商。菅直人看到大势已去，只得使用缓兵之计。菅直人和鸠山由纪夫是民主党的创立者，鸠山由纪夫不希望看到民主党的分裂和下台。菅直人看出鸠山不忍心民主党受到破坏，就提出保证“在第二次补充预算案通过后，就辞职。” 小泽系议员放弃倒戈，鸠山维护了执政党内部团结。双方最终均同意以维持民主党团结，继续执政以及尽快开展重建工作三点作为解决党内纷争的最高原则。在公开讲话中，菅直人并没有给出辞职的具体时间。但按照鸠山由纪夫会后的说法，菅直人将在大地震重建基本法案通过及2011年度第2次补充预算案“有眉目”后交棒。鸠山透露第2次补充预算案需要一个月左右的时间，因此他估计菅直人最早在6月底、7月初就要下台。在随后的民主党参众两院议员总会上，菅直人承认自己在灾后重建工作中犯错，愿意在 “灾后重建和核泄漏危机告一段落后”主动辞职。菅直人告诉同党议员：“我已经决定，在完成必须去做的一些事情后，让年轻一代接过各种重大的责任。”

在6月2日下午的日本众议院全体会议上，三个在野党发起的针对菅直人内阁提交的不信任决议案，以152票赞成、293票反对的巨大差距被否决。小泽一郎和谷垣祯一原来商定在这次投票过程中，数十名亲小泽议员倒戈造反。但鸠山由纪夫的忍让和保全民主党的决心，挫败了小泽一郎的计划，没有鸠山的参与，倒戈造反可能是搬起石头砸了自己的脚。另外，首相菅直人在表决之前的党大会上表示会主动辞，卸掉了大多数民主党议员的火气。既然首相一个月后就要辞职，何必采取两败俱伤的攻击战略。一直采取高压姿态的小泽也及时应变，指示派系成员针对不信任案改投反对票。6月2日晚菅直人会见记者表示，就辞职时间而说的地震处理到“一定的眉目”，包括地震灾后重建基本法案获通过、核电站事故机组进入“低温停堆”状态、各种救灾体制的建立、9月访问美国等。这与鸠山由纪夫的理解完全不同，尤其是核电机组的“低温停堆”状态，按现在的进程最快也要到明年初，所以鸠山所说的一个月后辞职是不可能的。据悉，菅直人与鸠山交换的“三事项”文件虽然涉及了今后的政府运作方式和震灾对策，但并没有“辞职”、“下台”的表述。鸠山由纪夫怒斥菅直人“说话不算数，当初就该赞成不信任案”，并表示“看来必须召开民主党两院议员全会，逼他辞职。”自民党干事长石原伸晃指斥菅直人表态“非常模糊且不负责任”。“首相说，一旦地震重建完成至‘某种程度’，他将辞职。但核事故没有可以预见的转折点，重建没有明确策略……我们一直说，在菅直人首相领导下，无法推进重建。”

虽然菅直人暂时躲过了危机，但菅直人给自己贴上了辞职的“时限标签”，在内政外交上，菅直人内阁的执行力和可信赖度必然大打折扣，自民党表示不会和要下台的菅直人政权合作。在国会审议时自民党也不会出席，民主党的政权运营会越发困难。民主党前党首小泽一郎在投票时弃权，当听到菅直人近期不下台的言论后，非常恼怒，自民党也埋怨小泽一郎。因此，围绕菅直人的辞职日期，以及后任人选问题，民主党内必然斗争激烈。菅直人虽然虚晃一枪，以模糊的辞职言论换来了不信任案被否决的结果，但他也面临更严重的混乱。同时，激烈的政治斗争激怒了广大日本民众。3月11日大地震发生后，朝野政党随即宣布“政治休战”，以合作救灾，共渡难关。但两个多国会当前的首要使命是制订灾后重建的相关预算和法律，国民期望各政党齐心协力、共渡危机，而国会议员却热衷于权力斗争。近年来日本民众已经厌倦政权的不断更迭，以及政权更迭带来的低效执政力，特别是对于如今亟须全力灾后重建与危机处理的日本而言，已不容政治上再出现混乱期。

虽然，民主党分裂、政局剧变的危机这次暂时被化解了，但日本的内政外交不可避免地走入一个新的混沌期。在野党控制着参议院过半数议席，去年参议院选举后，菅直人内阁就面临严重的“扭曲国会”局面。2010年11月，菅直人政权推出2010年度补充预算案，在野党占优势的参议院以125票对114票否决了这个议案。与预算案相关联的《地方转移支付税法修正案》凭借公明党的支持，才在参议院顺利通过。之后，自民党、众人之党和公明党等在野党，在参议院通过了对官房长官仙谷由人和国土交通大臣马渊澄夫的不信任案，菅直人政权受到重创。之后，仙谷官房长官和马渊国土交通大臣辞职。自民党为首的在野党拒绝参加国会审议，只是3·11地震后，在野党迫于国民压力，与民主党合作推出了救灾法案。但经过这次的不信任案，自民党等在野党重新回到了不参加审议的立场。鉴于民主党的多数法案在参议院不能如期通过，日本的救灾会遇到挫折，菅直人会很快面临更大的压力。参议院的自民党议员今后很可能向参议院提交首相问责决议案。尽管该决议案不具法律约束力，但也会使菅直人内阁难堪。由于菅直人这次并没有给出辞职的具体日期，小泽派逼宫的势头未来将不会减弱。围绕后续首相人选，民主党和日本政坛的混乱情况还将持续。