中新社报道，审计署于2010年对三峡集团2009年度财务收支进行了审计，并对审计范围内涉及的重大事项追溯相关年度。
审计署发布的报告指出，三峡集团存在对外投资、招投标管理等方面的问题。在2006年至2009年，三峡集团建设两座抽水蓄能电站。两项目当前处于停滞状态，面临损失风险。
审计指出上述问题后，三峡集团采取与地方政府加强沟通协调、控制工程造价等措施降低投资风险，并计划对其中一个电站项目以整体移交方式收回前期投入成本。
审计也发现，在2008年至2009年，三峡集团参股投资建设的陕西蒲城二甲醚项目和云南先锋煤化工项目，均未经发展改革委核准。三峡集团正在敦促相关项目控股单位补办核准手续。
此外，在2007年至2009年，三峡集团超出国家规定的标准，多支付招标代理费1670.92万元。同期，三峡集团合同金额为3.58亿元的七项机电设备采购未进行公开招标；部分项目存在评标过程不够规范、通过内部关联交易直接委托给子公司、部分附属项目被违规转包或分包等问题。
在内部管理方面，审计署发现，2009年，三峡集团在整体上市过程中，资金安排不当，导致部分贷款资金投向低收益理财产品，增加了集团整体财务费用1.21亿元，并存在直接指定中介机构、中介费用支付依据不足、重复聘请财务顾问公司等问题。
在2004年至2009年，所属三峡财务公司也违规向不符合贷款条件的企业累计发放贷款11.17亿元，截至2009年底贷款余额为6.48亿元。审计指出上述问题后，三峡财务公司已收回贷款1亿5550万元。
三峡集团在对外股权投资方面也存在管理体制不够完善、非主业投资扩张较快、部分对外股权投资效益不佳等问题。
审计还发现三峡集团及所属单位以前年度存在的问题：2007年，所属金沙江开发有限责任公司筹建处建设的成都三峡大厦项目，在未向国资委报告、未及时办理用地性质变更手续的情况下，增加投资3.58亿元建高标准酒店。2008年，三峡集团多支付宜昌青云公司土建项目工程款431.55万元等；审计指出上述问题后，三峡集团正向国资委报告，并补办有关手续。