由于新型流感疫情开始大规模蔓延，日本厚生劳动省9月11日决定，提前将用于完善设施的补贴发放对象从原先的全国约600家传染病指定医疗机构扩大至接收患者的全部医疗机构。本月内将把该决定通知各地方政府。由于政府修改规定允许全国医疗机构诊治流感患者，该省此前决定于下一财年起扩大补贴发放对象。

厚生劳动省当日还发布了有关医疗机构对幼儿和孕妇等“高危患者”的接收情况的调查结果。全国对医疗机构实施援助的地方政府仅占3成，该省表示“希望各地政府能够利用补贴制度，对医疗机构积极展开援助”。

受新型流感疫情扩大影响，日本国土交通省9月8日要求交通、旅游业者制定应对手册、彻底防范游客之间的相互感染。9月15日日本国土交通省将就制作手册的注意点等举行说明会。

此次日本国土交通省要求制定对策的是厚生劳动省8月21日宣布“已进入流行季节”的新型流感。就应对手册，国土交通省要求应分公司管理层、总务部门、待客服务等不同部门进行详细制定。

对于管理层国土交通省指出为防备出现多名员工缺勤的情况，有必要制定事业继续计划。而对待客服务则要求员工彻底实行漱口和洗手。此外，针对游客，督促有流感征状者戴上口罩等。

国土交通省危机管理室表示：“预计感染将在9月下旬至10月上旬迎来高峰，希望加紧制定对策”。