香港出现第二起甲型H1N1流感个案，但由于患者没有进入过社区，相信对香港社会的影响不大。不过，特区政府预计，若甲型H1N1流感在香港社区爆发，最坏的情况是会有三成人感染，4万2000人需要入院。

香港医管局素质及安全总监梁柏贤解释，根据世界卫生组织评估，甲型H1N1流感一旦爆发，最坏情况会有三成人口感染，以香港人口推算，即相当于约200万人。他估计，其中约有2％人需要住院，即大约4万2000人。梁柏贤表示，有关数字将为医院带来沉重负担，故当局希望透过缓疫策略，缓解公立医院压力。其他措施还包括设立指定感冒门诊，分流发烧的病人，并尽早识别高危人士，尽快作出治疗。

港府5月13日透露，香港第二起甲型H1N1流感个案的患者，是一名24岁的香港男子。他乘搭国泰航空公司的CX879班机，在5月11日傍晚从旧金山抵达香港，在机场的诊所直接由救护车送往玛嘉烈医院，并没有在社区停留。该名患者目前病情稳定，并没有肺炎的病症，他的家人也已接受隔离。

香港卫生防护中心总监曾浩辉在记者会上指出，乘坐病人前后三行的51名航班乘客之中，45人已离开香港，转机前往菲律宾、新加坡和印度德里及钦奈，另外当局已经联络到其馀6人。他呼吁曾乘搭航班经济客位的乘客与卫生署联络，当局还会安排曾接触过病人的空中服务员接受隔离。

由于该起甲型H1N1流感是由美国输入，港府已去信美国卫生部部长，要求美国在出境口岸考虑采用健康申报及红外线体温检测。港府表示，临近暑假，将有不少欧美留学生返港，当局已通知当地的经贸办联络学生组织，呼吁留学生应小心注意个人卫生。当局也劝请计划返港的留学生，若出现流感病症，应在当地看医生，有发烧便不应上飞机。

另外，香港特区食物及卫生局局长周一岳15日表示，他将透过世卫组织呼吁其它国家采取措施，减低染病国民输出甲型H1N1流感病毒的风险。被问及美国当局有否回复香港早前要求该国采取出境检疫措施时，周一岳表示，美国已作出响应，并表示会尽量处理。周一岳表示，已找到与山东确诊甲型H1N1流感患者同机的港人，有关人士当时坐在患者隔壁，并已接受隔离。

周一岳16日与香港商界代表开会，讲解预防甲型H1N1流感的工作，并听取业界意见。周一岳指出，目前香港的抗疫策略成功，但仍需小心；在维持正常生活的同时，他呼吁大家在出外时要作好准备，包括注意个人卫生，有慢性病的人士则应避免外游。