在爆炸发生近一周之后，当地时间4月27日上午，斯里兰卡政府第一次对教堂内部进行了全面的清理，有多辆卡车和消防车出动，以清理爆炸现场的碎片和血迹。血迹不易清洗，而爆炸带来的伤痛更加难消除。 

21日上午的爆炸发生在教堂的东南角，在进入教堂正门的左手边，爆炸在教堂内部留下了触目惊心的痕迹。  

爆炸发生位置的附近，几根立柱和墙壁破坏严重，立柱外层的水泥和石灰层完全脱落，漏出了柱子内部红色的砖体。立柱上部的水泥层虽然没有脱落，但是表面布满了爆炸冲击造成的大大小小的坑洞。 爆炸巨大的冲击力将爆炸点正上方的教堂屋顶炸出了一个大洞，工人们把炸塌的梁木砖石清理干净并装上卡车，房顶裸露的木板、金属支架和电线凌乱地垂落到距离地面一米多高的地方。 

27日整个上午，清洁工人们在大批军警的守卫下对教堂内部进行了细致的清理，为此斯里兰卡专门出动了一辆消防车来辅助今天的清洁工作。 

爆炸造成的碎片被全部清理出教堂并用卡车运走，工人们用水和清洁剂对教堂的地面和墙面进行了清洗。尽管如此，在教堂入口处墙壁的上部仍可看到淡淡的血迹。工人们说，在清洁剂浓烈的刺鼻味道中，仍可以闻到淡淡的血腥味。 26日晚，在对教堂全面清理的前夜，斯里兰卡政府曾允许部分媒体短暂进入教堂。一位当晚有机会进入教堂内的路透社摄影师说，他当时看到到处仍是血迹，地上甚至还有遇难者的断指。  

他说，教堂内部“气味非常糟糕”。连日以来，科伦坡气温都在30摄氏度以上，他说这也可能是政府决定清理的原因。  

工人们拆除了教堂内的木质装饰，桌椅也被移出教堂，工人们在喷洒清洁剂之后，用刷子仔细清理了教堂。

26日夜间，斯里兰卡安全部队在斯东部城市卡尔穆奈的突袭行动中与嫌犯交火，嫌犯在枪战中引爆自己。媒体报道说，交火和爆炸造成15人死亡，包括6男、3女及6名儿童。这起事件让科伦坡连日来的紧张气氛更进一步加剧，斯里兰卡政府为27日的清理行动派出了大批警察和军人，数量达到了平日的五六倍之多。士兵和警察除了在各个路口设置路障和警戒，大队士兵也一直在教堂周边地区不间断巡逻。 

4月28日（周日）将是爆炸发生之后基督教徒的第一个礼拜日，圣安东尼教堂将持续关闭。在教堂前执勤的一名斯里兰卡军官说，教堂还将关闭至少一个月时间。  

不过，据附近教堂一位神父介绍，科伦坡主教教堂28日上午将举行两场电视直播弥撒，分别以僧伽罗语和泰米尔语进行，届时基督徒可以在家中通过电视参加。